伯豪生物协助客户共发表了多项研究成果，其中涉及表达谱芯片，RNA-seq，甲基化芯片等伯豪服务，研究方向涉及微生物代谢，水稻抗性，干细胞多能性等。这些研究成果登陆的杂志包括 PNAS, Diabetes，Theranostics 等，平均影响子 4.7 分。
01. 表达谱芯片产品线
R2R3 MYB 转录因子通过调控水稻苯丙氨酸解氨酶途径，产生褐飞虱抗性
An R2R3 MYB transcription factor confers brown planthopper resistance by regulating the phenylalanine ammonia-lyase pathway in rice
发表期刊
PNAS
影响因子
IF=9.58
中科院杂志分区：1 区
通讯作者所在单位
南京农业大学和中国农科院
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Agilent 水稻表达谱芯片
摘要 :
褐飞虱（BPH）是影响水稻生产具破坏性的昆虫之一。苯丙氨酸 ammonialyase (PAL) 是植物防御病原体的关键酶。但是，PAL 在昆虫抗性中的作用仍然知之甚少。本研究发现，水稻中大部分 PAL 的表达是被褐飞虱的啃食诱导。在感病水稻品种中过表达 OsPAL8，BPH 抗性显著增强。OsPAL8 通过调节水稻水杨酸和木质素的生物合成和积累，介导水稻对 BPH 的抗性。此外，作者还发现水稻为应对 BPH 的攻击，OsMYB30（R2R3 MYB 转录因子）上调 OsPAL6 和 OsPAL8 的表达。综上，南京农业大学万建民教授的研究结果证明了苯丙氨酸途径在 BPH 抗性中起重要作用，为遗传改良水稻抗 BPH 的研究提供有价值的目标。
CircTIMELESS 通过 miR-136-5p/ROCK1 轴调控肺鳞状细胞癌细胞的增殖和侵袭
CircTIMELESS regulates the proliferation and invasion of lung squamous cell carcinoma cells via the miR‐136‐5p/ROCK1 axis
发表期刊
Journal of Cellular Physiology
影响因子
IF=4.52
中科院杂志分区：2 区
通讯作者所在单位
河南中医药大学
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ceRNA 芯片
摘要 :
大量研究表明，环状 RNA(CircRNAs) 是肿瘤发生和发展的重要调节因子。然而，对于 CircRNAs 参与肺鳞状细胞癌（LUSC) 的研究还很有限。本研究中，CircTIMELESS(在人类 CircRNA 数据库中也称为 hSA_CIRC_0000408) 在喉癌组织和喉癌细胞中均上调，并且 CircTIMELESS 的表达与肿瘤分期呈正相关。此外，CircTIMELESS 沉默明显抑制了体外侵袭，干扰了体外和体内的增殖。进一步的研究表明，CircTIMELESS 作为 miR-136-5p 的“海绵”，调节 miR-136-5p 的表达。此外，miR-136-5p 上调与 CircTIMELESS 沉默对 LUSC 细胞增殖和侵袭的抑制作用一致的。进一步的结果表明，含有卷曲螺旋的 Rho 相关蛋白激酶 1 的（ROCK1) 是 miR-136-5p 的靶点。恢复性实验结果表明，ROCK1 的过表达部分挽救了 CircTIMELESS 沉默和 miR-136-5p 上调对细胞增殖和侵袭的影响。因此，该研究结果证实了 CircTIMELESS 存在于 LUSC 中，并通过 miR-136-5p/ROCK1 轴发挥促癌作用。基于这些发现，CircTIMELESS 可能被潜在地用作 LUSC 的治疗靶点。
DDH 模型大鼠髋关节软骨中表达上调的基因 WISP- 2 通过 PPARγ 在体外诱导软骨细胞凋亡
WISP-2, an upregulated gene in hip cartilage from the DDH model rats, induces chondrocyte apoptosis through PPARγ in vitro
发表期刊
FASEB Journal
影响因子
IF=5.39
中科院杂志分区：2 区
通讯作者所在单位
中国医科大学附属盛京医院
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Agilent Rat 4x44k 芯片
摘要：
软骨细胞凋亡在发育性髋关节发育不良（DDH) 中起重要作用。已发现 WNT1 诱导信号通路蛋白 2(WISP-2) 和过氧化物酶体增殖物激活受体 γ(PPARγ) 参与细胞凋亡。本研究采用直腿包裹 DDH 大鼠模型，发现 DDH 大鼠体内软骨降解和软骨细胞凋亡明显增加。此外，作者还发现 WISP- 2 在 DDH 大鼠髋臼软骨中表达上调。其次，研究 WISP- 2 对体外培养的软骨细胞凋亡的影响及其可能的机制。通过慢病毒介导，研究了 WISP- 2 和过氧化物酶体增殖物激活受体 γ(PPARγ) 功能缺失 / 获得对原代大鼠软骨细胞活力和凋亡的影响。结果表明，WISP- 2 过表达诱导软骨细胞凋亡，WISP- 2 基因敲除可抑制晚期糖基化终产物（AGE) 诱导的软骨细胞凋亡。此外，WISP- 2 对软骨细胞 PPARγ 的表达具有负调节作用，PPARγ 的下调促进了软骨细胞的凋亡，PPARγ 的过表达减弱了 WISP- 2 诱导的软骨细胞凋亡的增加和细胞存活率的下降。本研究表明，WISP- 2 可能通过调节 PPARγ 的表达和活化而促进髋臼软骨细胞凋亡，这可能在髋臼软骨脱位的发生发展中起重要作用。
梅毒螺旋体刺激的巨噬细胞外泌体 miR-146a-5p 通过靶向 JAM- C 降低内皮细胞通透性和单核细胞跨内皮迁移
Exosomal miR-146a-5p from Treponema pallidum-stimulated macrophages reduces endothelial cells permeability and monocyte transendothelial migration by targeting JAM-C
发表期刊：
Experimental Cell Research
影响因子
IF=3.33
中科院杂志分区：3 区
通讯作者及所在单位
无锡市第二人民医院皮肤性病科
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Agilent Human miRNA 8 × 60K
摘要：
外泌体是一种可由各类细胞分泌的纳米级（直径 30~150nm）囊泡，其表面和内部有多种蛋白、mRNA、miRNA 以及长链非编码 RNA（LncRNA）等活性物质。细胞间的外泌体微小 RNA（miRNA）与微生物感染引起的宿主免疫反应调节有关。研究人员从梅毒螺旋体（T. pallidum）刺激的巨噬细胞中分离出外泌体，并使用表达谱芯片和 RT-qPCR 两种方法检测了不同的外泌体 miRNA 表达；总共鉴定出 65 个差异表达 miRNAs（35 个上调和 30 个下调）；在所有鉴定出的 T. pallidum 刺激的外泌体 miRNAs 中，miR-146a-5p 是变化显著的 miRNA。此外，研究人员分别从 20 例早期梅毒患者和 20 例健康对照组中分离血浆外泌体，结果发现未经治疗的早期梅毒患者的 miR-146a-5p 上调。还发现外泌体 miR-146a-5p 可以被有效地转运到内皮细胞中，通过靶向结合黏附分子 C（JAM-C）减少单核细胞跨内皮迁移和内皮通透性。萤光素酶报告基因测定证实了外泌体 miR-146a-5p 与 JAM-C3'非翻译区（3'UTR）的结合，随后又证明了 T. pallidum 刺激的巨噬细胞高表达的 miR-146a-5p 可以传递到内皮细胞，并通过靶向 JAM- C 减少单核细胞的跨内皮迁移，该项研究工作为 T. pallidum 阻断白细胞跨内皮迁移和内皮通透性而阻碍宿主的炎症反应提供了新见解。
肝 ChREBP 通过调节 L 型丙酮酸激酶来预防果糖诱导的糖原性肝毒性
Liver ChREBP Protects Against Fructose-induced Glycogenic Hepatotoxicity by Regulating L-type Pyruvate Kinase
发表期刊：
Diabetes
影响因子：
IF=7.20
中科院杂志分：1 区
通讯作者及所在单位：
第二军医大学
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Affymetrix GeneChip®
Mouse Genome 430 2.0
摘要：
果糖摄入过多与代谢性疾病的发病机理密切相关，碳水化合物反应元件结合蛋白（ChREBP）是小鼠果糖耐受所必需的转录因子。但肝 ChREBP 在果糖代谢中的功能意义尚不清楚。本项研究表明肝脏 ChREBP 通过调节肝脏糖原代谢和 ATP 稳态来保护小鼠免受果糖诱导的肝毒性。ChREBP 的肝脏特异性消融并未损害果糖耐受性，而是在喂食高果糖饮食的小鼠中引起严重的转氨性炎、肝肿大或糖原超标，而未发现明显的肝脏炎症、细胞死亡或纤维化。此外，在进食状态下，ChREBP 缺乏会显著降低肝脏 ATP 含量，果糖喂养使这种现象更加明显。从机制上讲，不存在肝 ChREBP 的情况下，肝脏 G -6- P 含量显著增加，而空腹诱导的糖原分解则不受损害。另外糖酵解中 ChREBP 的靶基因 LPK 在肝中过表达可以有效避免糖原过多和 ATP 的减少，并减轻 ChREBP 缺陷小鼠果糖导致的肝毒性。综上，研究人员确立了肝脏 ChREBP 在应对肝果糖应激和通过调节 LPK 免受肝毒性中的关键作用。
长链非编码 RNA H19 调控 miR-148b-3p/DDAH1 轴赋予肺腺癌易瑞沙抗药性
Long non-coding RNA H19 confers resistance to gefitinib via miR-148b-3p/DDAH1 axis in lung adenocarcinoma
发表期刊
Anticancer Drugs
影响因子
IF=1.80
中科院杂志分：4 区
通讯作者所在单位
北京肿瘤医院暨北京市
肿瘤防治研究所胸外科
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SBCHuman (4*180K)
lncRNA microarray (V6.0)
摘要：
表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂治疗，如吉非替尼，对表皮生长因子受体敏感突变的肺腺癌有效果。然而，耐药仍然是不可避免的，其机制仍然理解甚少。为了探讨酪氨酸激酶抑制剂耐药的机制，我们使用长链非编码 RNA（long non-coding RNA，lncRNA）芯片分析，发现 lncRNA H19 在吉非替尼耐药细胞系中高度表达。此外，lncRNA H19 基因敲除可降低细胞增殖、吉非替尼半数大抑制浓度（IC50）、迁移和侵袭。在机制上，作者证明 lncRNA H19 通过吸附 miR-148b-3p，正向调节了二甲基精氨酸二甲氨基水解酶 - 1 的表达。而且 miR-148b-3p 的过表达或失活可分别增强或逆转 lncRNA H19 对肺腺癌细胞的抑制作用。在肺腺癌患者中，lncRNA H19 或二甲基精氨酸二甲氨基水解酶 - 1 的高表达与较低的总生存率相关，而 miR-148b 的高表达与较高的总生存率相关。总的来说，数据结果显示，在肺腺癌中，lncRNA H19 通过 miR-148b/ 二甲基精氨酸二甲氨基水解酶 - 1 轴，赋予吉非替尼耐药性，这为表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂的抗药性提供了新的见解。
羟基红花黄色素 A 通过降低 WSB1 的表达使卵巢癌细胞对化疗药物敏感
Hydroxysafflor yellow A sensitizes ovarian cancer cells to chemotherapeutic agent by decreasing WSB1 expression
发表期刊：
European Journal of
Integrative Medicine
影响因子
IF=0.95
中科院杂志分：4 区
通讯作者所在单位
北京中医药大学中医药研究所
浙江清华长三角研究院
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Affymetrix microarray
摘要：
红花是一种中药，其有效成分是羟基红花黄色素 A（HSYA）。HSYA 已被证明具有抑制肿瘤生长的潜力。然而，HSYA 发挥抗肿瘤作用的分子机制仍不清楚。本研究探讨 HSYA 在卵巢癌细胞 Skov3 中的抗肿瘤作用机制。采用细胞增殖检测试剂盒进行细胞增殖检测。采用细胞滴度蓝细胞活力试剂盒（CellTiter-Blue Cell Viability kit）进行细胞活力测定。采用微阵列鉴定 HSYA 处理卵巢癌细胞对其全基因表达的影响。采用小干扰 RNA（SiRNA）转染技术，对 WD 重复序列和 SOCS 盒包含蛋白（WSB1）进行敲除。采用 qRT-PCR 检测 WSB1 的表达。采用 Western Blot 检测细胞外信号相关激酶（Erk）1/ 2 和磷酸化 -Erk1/ 2 的蛋白表达。
结果：HSYA 呈剂量依赖性抑制 Skov3 细胞增殖（P<0.05）。用 HSYA 和阿霉素培养细胞时，细胞活力进一步降低（P<0.05）。HSYA 可降低 WSB1 的表达。通过敲除 WSB1，阿霉素对卵巢癌细胞增殖有抑制作用（P<0.05），Erk1/ 2 表达和 Erk 磷酸化水平进一步降低（P<0.05）。
结论：HSYA 可通过降低 WSB1 的表达，抑制卵巢癌细胞株 Skov3 的增殖，使 Skov3 细胞对化疗药物敏感。
02.RNA 测序产品线
三种转录调控因子正向调控厦门链霉菌 318 多环四聚物的生物合成
Three transcriptional regulators positively regulate the biosynthesis of polycyclic tetramate macrolactams in Streptomyces xiamenensis 318
发表期刊
Appl Microbiol Biotechnol.
影响因子
IF=3.67
中科院杂志分区：2 区
通讯作者所在单位
上海交通大学微生物代谢
国家重点实验室
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RNA-seq
摘要：
多环四聚物（PTMs）是一类广泛分布的结构复杂的天然产物，它们大多表现出多种生物活性。然而，PTM 产生的转录调节元件（TRs）很少被报道。上海交大的研究工作者确定了三个 TRs，即 Sxim_22880, CvnABCSx, 和 WblASx, 并揭示了它们在调节红树林链霉菌属 xiamenensis 318 PTM 生物合成中的正调控作用。该菌株在 30℃时产生相当数量的 PTMs，但 PTMs 的生产在 37°C 时几乎处于停滞状态。研究者确定了几个假定的 TRs 的转录调控元件 WblASx、Sxim_22880 和 CvnCSx，在这种热冲击条件下，均显著下调。此外，在 Streptomyces sp. FR-008 和 S. albus J1074 中过表达这三个 TRs 均有新次生代谢物的产生，提示这些保守的 TRs 可能被用来激活潜孢子链霉菌次生代谢物基因簇。
质体核糖体蛋白 LPE2 参与拟南芥光合作用和 C / N 平衡反应
Plastid ribosomal protein LPE2 is involved in
photosynthesis and the response to C/N balance in Arabidopsis thaliana
发表期刊
J Integr Plant Biol.
影响因子
IF=3.824
中科院杂志分区：1 区
通讯作者所在单位
广州中医药大学
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RNA-seq
摘要：
细胞碳（C）和氮（N）之间的平衡必须紧密协调，以维持植物好的生长发育。在叶绿体中，光合作用将无机 C 转换为有机 C，这对于维持植物细胞中 C 的含量很重要。但是，人们对叶绿体在 C / N 平衡中的作用知之甚少。本文中研究者确定了拟南芥中光合作用和 C / N 平衡所需的核编码蛋白低光合效率（LPE2）。LPE2 特定的位于叶绿体中。失去功能的突变体 lpe2- 1 和 lpe2- 2 均显示出较低的光合作用活性，其特征是与野生型相比，电子传输速度较慢，PSII 量子产率较低。此外，LPE2 的缺乏在生理水平上抑制了 C / N 平衡的响应。综上所述，研究者的发现表明 LPE2 在光合作用和 C / N 平衡响应中起着双重作用。
RNA 测序揭示 lncRNAs 在棕榈酸诱导骨骼肌细胞胰岛素抵抗中的潜在作用
RNA-sequencing analysis reveals the potential contribution of lncRNAs in palmitic acid-induced insulin resistance of skeletal muscle cells
发表期刊
Bioscience Reports
影响因子
IF=2.54
中科院杂志分区：4 区
通讯作者所在单位
南京医科大学附属
南京妇幼保健院
南通大学附属妇幼保健院
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RNA-Seq
摘要：
胰岛素抵抗（IR）是大多数代谢性疾病的共同病理基础和发展动力。长链非编码 RNA（lncRNAs）已成为调节糖、脂代谢的关键调控因子。然而，对胰岛素抵抗状态下骨骼肌细胞中 lncRNAs 的综合分布及其可能的生物学效应还没有充分的研究。本研究以 C2C12 肌管为细胞模型，采用深度 RNA 测序技术，对棕榈酸诱导的 IR-C2C12 肌管与对照肌管间的 lncRNAs 和 mRNAs 进行了分析。结果表明，在棕榈酸诱导的胰岛素抵抗细胞中，共有 144 个 lncRNAs 表达显著差异，其中 70 个上调，74 个下调（|fold change|>2，q<0.05）。此外，基于 GO 和 KEGG 数据库的功能注释分析表明，差异表达的 lncRNAs 的靶基因在脂肪酸氧化、脂质氧化、PPAR 信号通路和胰岛素信号通路中明显富集。此外，通过 qPCR，大多数在肌管和 db/db 小鼠骨骼肌中筛选的 lncRNAs 显示出与 RNA 测序一致的表达趋势。共表达分析也阐明了关键的 lncRNA-mRNA 相互作用，并指出了候选 lncRNA ENSMUST 00000160839 的潜在调控网络。总之，本研究扩展了骨骼肌 lncRNA 数据库，为今后胰岛素抵抗的遗传和分子研究提供了新的潜在调控因子，有助于相关代谢性疾病的防治。
全基因组相互作用靶谱揭示了一种控制干细胞多能性的 Peblr20-eRNA 激活途径
Genome-wide interaction target profiling reveals a novel Peblr20-eRNA activation pathway to control stem cell pluripotency
发表期刊
Theranostics
影响因子 杂志中科院分区
IF=8.06
中科院杂志分区：1 区
通讯作者所在单位
吉林大学第一医院
斯坦福大学医学院
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全转录组测序
摘要：
长链非编码 RNA (Long non-coding RNAs, lncRNA) 是控制干细胞多能性的调控机制的重要组成部分。然而，这些 lncRNA 控制多能性的具体机制尚未完全阐明。本研究作者采用 RNA 逆转录相关 trap 测序（RAT-seq) 方法，对 RNA-seq 筛选到的 lncRNA 的小鼠全基因组相互作用靶点进行了分析。结果发现 Peblr20 (Pou5F1 增强子结合 lncRNA 20) 是一种与干细胞重编程相关的新型 lncRNA。与诱导多能干细胞（iPSCs) 相比，成纤维细胞中 Peblr20 的转录有差异。值得注意的是，作者发现 Peblr20 利用一个反式机制与多个茎干基因的调控元件相互作用。通过敲降和过表达实验，发现，当过表达 Peblr20 时，可激活内源性 Pou5F1 表达。进一步证明，Peblr20 促进了多能重编程。机制上，作者证明了 Peblr20 通过与 Pou5F1 增强子结合，招募 TET2 去甲基化酶并激活增强子转录的 RNA 来激活内源性 Pou5F1。该数据揭示了一种新的表观遗传机制，即 lncRNA 通过反式调节 Pou5F1 增强子 RNA 通路来控制干细胞的命运。同时也证明了利用 lncRNA 生物学增强再生医学干细胞生成的潜力。
广泛的染色体重排和新的效应超家族的快速进化有助于基础子囊菌真菌的宿主适应和物种形成
Extensive chromosomal rearrangements and rapid evolution of novel effector superfamilies contribute to host adaptation and speciation in the basal ascomycetous fungi
发表期刊
MOLECULAR
PLANT PATHOLOGY
影响因子
IF=4.38
中科院杂志分区：1 区
通讯作者所在单位
西北农林科技大学
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RNA-seq
基因组 de novo 测序
摘要：
外囊菌属的基础子囊菌具有严格的寄主特异性和与寄主植物的共进化性，是研究生态分化和寄主适应性基因组基础的理想模式。因此，作者对不同寄主范围的外囊菌属进行了基因组测序和比较基因组学研究，以揭示其进化过程。作者在外囊菌属基因组中发现了频繁的染色体重排和高度动态谱系特异性（LS) 基因组区域。LS 区域出现在染色体断点的侧翼区域，并为 DNA 重复、非核心基因和植物上调节基因提供了大量的富集。此外，作者还确定了数百个候选的分泌效应蛋白（CSEPs)，它们通常组织在基因簇中，形成独特的 AT - rich isochore 区。近一半的 CSEPs 构成了两个新的超家族，具有独特的外囊菌属模块化结构。这些 CSEPs 通常在感染过程中被上调，富集于 LS 区域，进化更快，并在不同物种中经历了广泛的基因得失。除了显示积极选择的特征外，所选 CSEPs 基因的功能特性也证实了它们在抑制植物防御反应中的作用。总之，结果表明，广泛的染色体重排和快速进化的 CSEPs 超家族在早期分枝子囊真菌的物种形成和宿主适应中起着重要作用。
03. 表观产品线
急性肠病毒感染显著改变宿主细胞的 DNA 甲基化状态
Acute enterovirus infections significantly alter host cellular DNA methylation status
发表期刊
INFECTION GENETICS
AND EVOLUTION
影响因子
IF=2.611
中科院杂志分区：3 区
通讯作者所在单位
中国药科大学
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Illumina Human
Methylation 450 BeadChip
摘要：
71 型急性肠病毒 (EV71) 和 A16 型柯萨奇病毒 (CVA16) 通常感染婴幼儿引起手足口病（HFMD)。但肠病毒感染的分子机制仍然未知。在这项研究中，作者使用 Illumina Infinium Human Methylation450 BeadChip 分析了被 EV71 和 CVA16 感染后的宿主基因组 DNA 甲基化模式。被 EV71 感染的宿主细胞与对照组相比，有 3975 个显著差异 CpG 位点，其中 2478 个相对高甲基化。被 CVA16 感染的细胞与对照组相比，共有 5197 个显著差异 CpG 位点，其中 4288 个相对高甲基化。显著差异甲基化位点所在的基因可能与两种肠病毒的复制过程有关。GO，KEGG 富集分析显示在病毒性心肌炎，Notch 信号通路和抗原加工呈递等通路有明显富集。研究从表观遗传学的角度对肠病毒 - 宿主相互作用网络提供了一个新的视角，有助于进一步了解手足口病的发病机制。
