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【标题】粘膜或全身暴露于微生物群影响 B 细胞库的形成
【平台】10X V(D)J
【期刊】Nature（IF=43.1）
【时间】2020-08-05
【摘要】微生物群定植会刺激 B 细胞，诱导免疫球蛋白，但许多菌群定植的哺乳动物拥有高度复杂和个体化的免疫球蛋白库。研究人员使用简化的模型，对无菌小鼠中不同微生物群进行瞬时暴露，以探究微生物群如何塑造 B 细胞库及其功能响应能力。他们通过深度测序跟踪了 B 细胞群体以及单细胞中免疫球蛋白库的发展。肠道粘膜上的微生物暴露所产生的寡克隆反应不同于无菌小鼠，并且不同于静脉注射导致全身性暴露于微生物群后所产生的多样性。剂量递增后，IgA 库（主要识别细胞表面抗原）没有扩增，而全身性接触微生物使 IgG 库增加并可识别微生物细胞质和细胞表面抗原。暴露于微生物主要影响 B 细胞在记忆和浆细胞阶段特征性免疫球蛋白重链库的形成。有序地全身性暴露于不同的微生物类群可使 IgG 种类多样化，并促进了其他特异性反应，而依次暴露于粘膜则产生有限的重叠种类，并且会破坏初始 IgA 结合特异性。这显示了免疫系统对全身性暴露的灵活反应和避免致命性败血症反应，这与暴露于粘膜后产生的受限反应之间形成对比，反映了粘膜中宿主 - 共生微生物的一般性质。
【标题】有袋动物胚胎发生和 X 失活的单细胞转录组图谱
【平台】Smart-seq2
【期刊】Nature（IF=43.1）
【时间】2020-08-19
【摘要】胚胎的单细胞 RNA 测序可以以前所未有的分辨率解决发育的转录环境。迄今为止，关于哺乳动物胚胎单细胞 RNA 测序的研究主要集中在真哺乳亚纲动物。对哺乳动物之外群体的分析有可能发现高度保守的谱系特征和多能性因素，并且可以扩展人们对 X 剂量补偿的理解。大约在 1.6 亿年前，后哺乳下纲（有袋类）哺乳动物与真兽亚纲哺乳动物分离。它们具有独特的发育特征，包括晚期着床和印迹 X 染色体失活，这与 XIST 样非编码 RNA RSX3 的表达有关。本文研究者对有袋类动物灰色短尾负鼠（Monodelphis domestica) 的胚胎发生和 X 染色体失活进行了单细胞 RNA 测序分析。研究人员揭示了表皮细胞、原始内胚层和滋养外胚层的发育轨迹和转录特征，并鉴定了真兽亚纲动物 - 有袋动物分离之前深度保守的谱系特异标记。RSX 包被和 X 染色体失活在发育早期快速产生。该研究结果支持以下假说：在具有早期 X 染色体失活的生物中，印迹 X 染色体失活可阻止双等位基因 X 沉默。研究者发现 XSR 是一种从活性 X 染色体表达的 RSX 反义转录本，是印迹 X 染色体失活的候选调控因子。该研究数据集在进化上提供了对哺乳动物胚胎发育和 X 剂量补偿的新见解。
【标题】异型细胞 - 细胞通讯调节腺干细胞的多能性
【平台】Smart-seq2
【期刊】Nature（IF=43.1）
【时间】2020-08-26
【摘要】腺上皮包括乳腺和前列腺，由基底细胞（BCs) 和腔细胞（LCs) 组成。许多腺上皮细胞是由多能基底干细胞（BSCs) 发育而来的，成年后这些细胞会被不同的单能干细胞所取代。然而，成体单能骨髓干细胞在再生条件下和癌基因表达时可以重新激活多能性。这表明，在正常生理条件下，一种活跃的机制限制了 BSC 的多能性，尽管这种机制的性质尚不清楚。本文研究者表明 LCS 的消融可以在小鼠体内和体外在器官中重新激活来自多个上皮细胞的 BSCs 的多能性。Bulk 和单细胞 RNA 测序显示在 LC 消融后，BSCs 在产生 LCs 之前激活了一个混合的基底和腔细胞分化程序，这让人想起在胚胎发育过程中调节多能性的遗传程序。通过从单细胞数据预测配体 - 受体对，研究者发现 LCS 分泌的 TNF- 在正常生理条件下限制了 BC 的多能性。相反，LC 消融后，Notch、Wnt 和 EGFR 通路在 BSCs 及其子代中被激活，阻断这些通路或刺激 TNF 通路可抑制再生诱导的 BC 多能性。本研究表明，LCS 和 BCS 之间的异型交流对于维持腺上皮干细胞的谱系保真度是必不可少的。
【标题】结合 scRNA-Seq 和细胞内蛋白活性揭示 TREM2 在肿瘤中的免疫抑制作用
【平台】10X5，MARS-seq 2.0，CyTOF
【期刊】Cell（IF=36.2）
【时间】2020-08-11
【摘要】细胞功能和活性是通过整合信号、表观遗传、转录和代谢途径来调节的。本文介绍 INS-SEQ，一种大规模并行记录单细胞 RNA 序列（scRNA-SEQ) 和细胞内蛋白质活性的集成技术。研究者通过分析免疫信号、转录因子组合和代谢活性的不同细胞内信号，展示了 INS-SEQ 在发现新的免疫亚群方面的广泛用途。肿瘤模型中表达精氨酸酶 1 的细胞的综合图谱是抑制活性的代谢免疫标志，发现了新的 Arg1+TREM2+ 调节性髓样（MREG) 细胞，并确定了与这些细胞相关的标志物、代谢活性和途径。TREM2 基因消融可抑制肿瘤内 MREG 细胞的积聚，导致功能障碍的 CD8+ T 细胞明显减少，肿瘤生长减慢。这项研究建立了 INS-SEQ 作为一种广泛适用的技术，用于阐明整合的转录和细胞内图谱，并鉴定肿瘤中髓系抑制细胞的分子特征。
【标题】单细胞 RNA 测序揭示肺癌治疗诱导的进化
【平台】Smart-seq2
【期刊】Cell（IF=36.2）
【时间】2020-08-20
【摘要】肺癌是癌症死亡的主要原因，它表现出异质性，这使得适应性成为可能，限制了治疗的成功，并且仍然不完全清楚。对 30 例转移性肺癌患者在靶向治疗前和治疗期间的 49 例临床活检标本进行了单细胞 RNA 序列测定（scRNA-seq)。20,000 多份癌症和肿瘤微环境（TME) 单细胞图谱揭示了一个丰富而充满活力的肿瘤生态系统。癌细胞的 scRNA-seq 比临床检测到的基因更能照亮靶向癌基因。作为残留病（RD) 在治疗中存活的癌细胞表现出肺泡再生细胞信号，提示治疗诱导的原始细胞状态转变，而那些出现在肿瘤治疗进展性疾病（PD) 中的癌细胞上调了犬尿氨酸、纤溶酶原和缝隙连接通路。RD 组 T 淋巴细胞活跃，巨噬细胞减少，PD 表现为免疫抑制细胞状态。ScRNA-seq 揭示的生物学特征是独立队列中临床结果的生物标志物。这项研究强调了治疗诱导的转移性癌症多细胞生态系统的适应如何影响临床结果。
文章列表
下表列出 41 篇文献信息，一起看看有没有您关注的研究方向，可提供相关原文。
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【标题】粘膜或全身暴露于微生物群影响 B 细胞库的形成
【平台】10X V(D)J
【期刊】Nature（IF=43.1）
【时间】2020-08-05
【摘要】微生物群定植会刺激 B 细胞，诱导免疫球蛋白，但许多菌群定植的哺乳动物拥有高度复杂和个体化的免疫球蛋白库。研究人员使用简化的模型，对无菌小鼠中不同微生物群进行瞬时暴露，以探究微生物群如何塑造 B 细胞库及其功能响应能力。他们通过深度测序跟踪了 B 细胞群体以及单细胞中免疫球蛋白库的发展。肠道粘膜上的微生物暴露所产生的寡克隆反应不同于无菌小鼠，并且不同于静脉注射导致全身性暴露于微生物群后所产生的多样性。剂量递增后，IgA 库（主要识别细胞表面抗原）没有扩增，而全身性接触微生物使 IgG 库增加并可识别微生物细胞质和细胞表面抗原。暴露于微生物主要影响 B 细胞在记忆和浆细胞阶段特征性免疫球蛋白重链库的形成。有序地全身性暴露于不同的微生物类群可使 IgG 种类多样化，并促进了其他特异性反应，而依次暴露于粘膜则产生有限的重叠种类，并且会破坏初始 IgA 结合特异性。这显示了免疫系统对全身性暴露的灵活反应和避免致命性败血症反应，这与暴露于粘膜后产生的受限反应之间形成对比，反映了粘膜中宿主 - 共生微生物的一般性质。
【标题】有袋动物胚胎发生和 X 失活的单细胞转录组图谱
【平台】Smart-seq2
【期刊】Nature（IF=43.1）
【时间】2020-08-19
【摘要】胚胎的单细胞 RNA 测序可以以前所未有的分辨率解决发育的转录环境。迄今为止，关于哺乳动物胚胎单细胞 RNA 测序的研究主要集中在真哺乳亚纲动物。对哺乳动物之外群体的分析有可能发现高度保守的谱系特征和多能性因素，并且可以扩展人们对 X 剂量补偿的理解。大约在 1.6 亿年前，后哺乳下纲（有袋类）哺乳动物与真兽亚纲哺乳动物分离。它们具有独特的发育特征，包括晚期着床和印迹 X 染色体失活，这与 XIST 样非编码 RNA RSX3 的表达有关。本文研究者对有袋类动物灰色短尾负鼠（Monodelphis domestica) 的胚胎发生和 X 染色体失活进行了单细胞 RNA 测序分析。研究人员揭示了表皮细胞、原始内胚层和滋养外胚层的发育轨迹和转录特征，并鉴定了真兽亚纲动物 - 有袋动物分离之前深度保守的谱系特异标记。RSX 包被和 X 染色体失活在发育早期快速产生。该研究结果支持以下假说：在具有早期 X 染色体失活的生物中，印迹 X 染色体失活可阻止双等位基因 X 沉默。研究者发现 XSR 是一种从活性 X 染色体表达的 RSX 反义转录本，是印迹 X 染色体失活的候选调控因子。该研究数据集在进化上提供了对哺乳动物胚胎发育和 X 剂量补偿的新见解。
【标题】异型细胞 - 细胞通讯调节腺干细胞的多能性
【平台】Smart-seq2
【期刊】Nature（IF=43.1）
【时间】2020-08-26
【摘要】腺上皮包括乳腺和前列腺，由基底细胞（BCs) 和腔细胞（LCs) 组成。许多腺上皮细胞是由多能基底干细胞（BSCs) 发育而来的，成年后这些细胞会被不同的单能干细胞所取代。然而，成体单能骨髓干细胞在再生条件下和癌基因表达时可以重新激活多能性。这表明，在正常生理条件下，一种活跃的机制限制了 BSC 的多能性，尽管这种机制的性质尚不清楚。本文研究者表明 LCS 的消融可以在小鼠体内和体外在器官中重新激活来自多个上皮细胞的 BSCs 的多能性。Bulk 和单细胞 RNA 测序显示在 LC 消融后，BSCs 在产生 LCs 之前激活了一个混合的基底和腔细胞分化程序，这让人想起在胚胎发育过程中调节多能性的遗传程序。通过从单细胞数据预测配体 - 受体对，研究者发现 LCS 分泌的 TNF- 在正常生理条件下限制了 BC 的多能性。相反，LC 消融后，Notch、Wnt 和 EGFR 通路在 BSCs 及其子代中被激活，阻断这些通路或刺激 TNF 通路可抑制再生诱导的 BC 多能性。本研究表明，LCS 和 BCS 之间的异型交流对于维持腺上皮干细胞的谱系保真度是必不可少的。
【标题】结合 scRNA-Seq 和细胞内蛋白活性揭示 TREM2 在肿瘤中的免疫抑制作用
【平台】10X5，MARS-seq 2.0，CyTOF
【期刊】Cell（IF=36.2）
【时间】2020-08-11
【摘要】细胞功能和活性是通过整合信号、表观遗传、转录和代谢途径来调节的。本文介绍 INS-SEQ，一种大规模并行记录单细胞 RNA 序列（scRNA-SEQ) 和细胞内蛋白质活性的集成技术。研究者通过分析免疫信号、转录因子组合和代谢活性的不同细胞内信号，展示了 INS-SEQ 在发现新的免疫亚群方面的广泛用途。肿瘤模型中表达精氨酸酶 1 的细胞的综合图谱是抑制活性的代谢免疫标志，发现了新的 Arg1+TREM2+ 调节性髓样（MREG) 细胞，并确定了与这些细胞相关的标志物、代谢活性和途径。TREM2 基因消融可抑制肿瘤内 MREG 细胞的积聚，导致功能障碍的 CD8+ T 细胞明显减少，肿瘤生长减慢。这项研究建立了 INS-SEQ 作为一种广泛适用的技术，用于阐明整合的转录和细胞内图谱，并鉴定肿瘤中髓系抑制细胞的分子特征。
【标题】单细胞 RNA 测序揭示肺癌治疗诱导的进化
【平台】Smart-seq2
【期刊】Cell（IF=36.2）
【时间】2020-08-20
【摘要】肺癌是癌症死亡的主要原因，它表现出异质性，这使得适应性成为可能，限制了治疗的成功，并且仍然不完全清楚。对 30 例转移性肺癌患者在靶向治疗前和治疗期间的 49 例临床活检标本进行了单细胞 RNA 序列测定（scRNA-seq)。20,000 多份癌症和肿瘤微环境（TME) 单细胞图谱揭示了一个丰富而充满活力的肿瘤生态系统。癌细胞的 scRNA-seq 比临床检测到的基因更能照亮靶向癌基因。作为残留病（RD) 在治疗中存活的癌细胞表现出肺泡再生细胞信号，提示治疗诱导的原始细胞状态转变，而那些出现在肿瘤治疗进展性疾病（PD) 中的癌细胞上调了犬尿氨酸、纤溶酶原和缝隙连接通路。RD 组 T 淋巴细胞活跃，巨噬细胞减少，PD 表现为免疫抑制细胞状态。ScRNA-seq 揭示的生物学特征是独立队列中临床结果的生物标志物。这项研究强调了治疗诱导的转移性癌症多细胞生态系统的适应如何影响临床结果。
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