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转眼 10 月已经过去，又到了小编为大家分享 DNA 甲基化研究成果的时候了~ 10 月以 DNA methylation 为关键词检索到的文献一共有 619 篇，小编在这里为大家精心挑选了以下 6 篇作为重点分享内容。主要通过 850K、WGBS 和捕获测序等研究胰腺导管腺癌、帕金森、胆囊癌、膀胱癌、自闭症、小儿自闭症中 DNA 甲基化修饰的影响等。在文末附表中列出更多 DNA 甲基化研究的文献和高分综述的研究方向、登刊时间、技术平台和摘要等信息，让您不用再费时费力搜索，就能轻松获取 10 月新的 DNA 甲基化研究成果和动态，平均 IF>10。
标题：胰腺导管腺癌中发现重复元件的低甲基化与导管起源细胞的内源 IFN 过程相关
时间：2020/10/15
单位：德国癌症研究中心
期刊：Cancer Discov 29.497
平台：WGBS、850K、RNA-seq、Illumina 982 HumanHT12v4 BeadChips
摘要：胰腺导管腺癌（PDAC）具有广泛增生的特征，这对大块肿瘤样品的分子分析具有一定的挑战性。在这里，作者从人 PDAC 和正常胰腺中用 FACS 纯化了上皮细胞，并获得了其转录组和 DNA 甲基化组数据。基于 DNA 甲基化的聚类揭示了两种不同的 PDAC 类型，它们在编码重复元件的区域显示出不同的甲基化模式。肿瘤的低甲基化程度特征在于内源性逆转录病毒（ERV）转录本和 dsRNA 传感器的表达较高，从而导致细胞内干扰素标记（IFN sign）的内在激活。这会导致促肿瘤的微环境和患者不良预后的形成。正常导管和腺泡胰腺细胞分别具有 Methylationlow / IFNsignhigh 和 Methylationhigh / IFNsignlow PDAC 细胞保留谱系的特征。此外，导管来源的 KrasG12D / Trp53-/- 小鼠 PDAC 比腺泡来源的 PDAC 细胞显示出更高的 IFN sign 含量。总体而言，作者发现人类 PDAC 具有两种不同起源和病因，侵袭性的 Methylation low / IFN sign high 亚型可能会通过阻断内源性 IFN 信号的药物靶向作用。
标题：帕金森病神经元的表观基因组学分析确定 Tet2 丢失具有神经保护作用
时间：2020/10/17
单位：范安德尔研究所
期刊：Nat Neurosci 20.071
平台：甲基化探针捕获测序、RNA-seq
摘要：帕金森氏病（PD）发病机制可能涉及修饰神经元功能的增强子的表观遗传调控。在这里，作者全面检查了 PD 患者和对照组个体神经元中全基因组增强子的 DNA 甲基化。作者发现在 PD 神经元的增强子上胞嘧啶修饰广泛增加，部分原因是由于羟甲基化水平升高。PD 患者表现出 TET2 的表观修饰和转录上调，TET2 是胞嘧啶修饰状态的主要调节剂。TET2 缺失的神经元细胞模型中发现胞嘧啶修饰发生变化，并且与 PD 神经元中观察到的结果相反。此外，小鼠中的 Tet2 失活可完全恢复由先前炎症引起的黑色素多巴胺能神经元的缺失。Tet2 缺失也减弱了由炎症触发的转录免疫反应。因此，PD 神经元中增强子的广泛表观遗传失调可能部分是由于 TET2 表达增加介导的。综上，Tet2 活性的降低在体内具有神经保护作用，并且可能是 PD 治疗的新靶标。
标题：在表观基因组范围内分析胆结石疾病，发育异常和胆囊癌的甲基化变化
时间：2020/10/5
单位：海德堡大学
期刊：Hepatology 14.679
平台：850K 芯片
摘要：胆囊癌（GBC）是胆道恶性程度很高的恶性肿瘤。GBC 的大多数病例发生在低收入和中等收入国家，目前对该疾病的研究一直很有限。因此，在本研究中，作者以全球 GBC 发病率高的国家智利为研究对象，以 GBC 发病模式为胆结石病→异型增生→GBC 的顺序研究表观遗传的改变。作者通过 850K 芯片检测胆囊组织的 FFPE 切片，并进行 EWAS 分析。通过对 82 个样本（胆结石 n = 32，低度异型增生 n = 13，高度异型增生 n = 9，GBC n = 28）的数据分析鉴定了差异甲基化位点，区域和途径以及 CNV 的变化。表观遗传变化的数量和幅度随着疾病的发展而增加，并且主要涉及 CpG 岛和基因启动子区域的超甲基化。与 Wnt 信号通路、Hedgehog 信号通路和肿瘤抑制相关的基因甲基化程度随肿瘤级别增加而增加。CNV 也随着 GBC 的发展而增加，并影响 CDKN2A，MDM2，TP53 和 CCND1。在 14% 的 GBC 样本中检测到 ERBB2 的增加。作者的结果表明，GBC 的癌变包括三个主要的甲基化阶段：早期（胆结石病和低度发育不良），中期（高度发育不良）和晚期（GBC）。综上，甲基化和 CNV 的逐步鉴定可能有助于增进我们对这种侵袭性疾病潜在机制的了解，并改善 GBC 的治疗和早期诊断条件。
标题：通过全基因组甲基化测序对小儿髓母细胞瘤脑脊液中 cfDNA 进行可信的肿瘤检测
时间：2020/10/16
单位：德州农工大学
期刊：Sci Adv 13.116
平台：WGBS、hMeDIP-seq
摘要：小儿脑恶性肿瘤常见的形式是髓母细胞瘤（MB），其致癌突变的频率较低，但 DNA 甲基化变化异常明显。通过液体活检对 ctDNA 进行表观遗传学分析提供了一种实时监测肿瘤状态而无需进行肿瘤解剖的方法。在这项研究中，与正常小脑相比，作者鉴定了 MB 肿瘤中 6598 个差异甲基化的 CpGs，以及从匹配的脑脊髓液（CSF）分离的 ctDNA，可用于检测 MB 肿瘤的发生并确定其亚型。此外，CSF 样品中的 DNA 甲基化变化可用于监测治疗反应和肿瘤复发。作者将本次研究数据与大型公共数据集整合研究发现，在 ctDNA 中鉴定出了可信的 MB DNA 甲基化标记物，这些标记具有潜在的诊断和预后价值。作者的研究为利用脑脊液表观遗传标记改善 MB 患者的临床管理奠定了基础。
标题：尿液 DNA 甲基化检测使膀胱癌的早期检测和复发监测成为可能
时间：2020/10/26
单位：中山大学
期刊：J Clin Invest 11.864
平台：甲基化捕获测序
摘要：当前膀胱癌（BCa) 检测和监测的背景方法通常是有创的或敏感性和特异性欠佳，特别是在早期肿瘤中。作者开发了一种高效的方法，称为 utMeMA，用于检测尿液肿瘤多个基因组区域的 DNA 甲基化。作者通过结合中山纪念医院（SYSMH)、肿瘤基因组图谱（TCGA) 和基因表达综合数据库（GEO) 的队列分析，鉴定了 BCa 特异性甲基化标记。在回顾性队列中（n = 313) 建立 BCa 诊断模型，并在多中心前瞻性队列中（n = 175) 进行验证。作者通过联合分析初次发现了 26 个 BCa 显著的甲基化标志物。作者建立并验证了一个基于 2 个标志物的诊断模型，该模型能够以较高的准确率（86.7%)、敏感性（90.0%) 和特异性（83.1%) 对 BCa 患者进行鉴别。此外，基于 utMeMA 的检测在尿液细胞学和 FISH 检测方面有很大的提高，特别是在早期、Ta 期和低级别肿瘤的检测方面。综上，尿液 DNA 甲基化评估用于 BCa 早期诊断、微量、残留肿瘤检测和监测是一种快速、高通量、无创、有前景的方法，可减少膀胱镜检查负担和盲二次手术。
标题：新生儿脐带血 DNA 甲基化反映了早期神经发育和 x 连锁基因的失调
时间：2020/10/14
单位：美国加州大学戴维斯分校
期刊：Genome Med 10.675
平台：WGBS
摘要：自闭症谱系障碍（Autism spectrum disorder, ASD) 是一种神经发育障碍，遗传复杂，男性患病率较高。新生儿表观基因组可能会反映早期发育过程中遗传和环境因素之间的相互作用，并影响未来的健康结局。作者对 152 个脐血样本进行全基因组亚硫酸盐测序，这些样本来自 MARBLES 和 EARLI 高家族风险前瞻性队列，以确定出生时 ASD 的表观基因组特征。样本被分为发现组和验证组，并按性别分层，通过他们的 DNA 甲基化谱测试 ASD 和正常发育的对照脐带血样本之间的差异甲基化区域（DMRs)。DMRs 被定位到基因上，评估其在基因功能、组织表达、染色体位置以及与先前 ASD 研究重叠方面的丰富程度。通过检测 DMR 位置在染色质状态和转录因子结合基序的富集，结果在发现组和复制组之间以及在男性和女性之间进行比较。作者确定了按性别分层的 DMRs。在区域水平上，男性 7 个 DMR 基因和女性 31 个 DMR 基因在两组独立受试者中得到验证，而男性 537 个 DMR 基因和女性 1762 个 DMR 基因通过基因关联存在重叠。这些 DMR 基因在 ASD 患者死后脑的脑和胚胎表达、X 染色体定位和鉴定中显著富集。在男性和女性中，常染色体 ASD DMRs 在大多数细胞类型中的启动子和二价染色质状态显著富集，而 x 连锁 ASD DMRs 在性别上存在差异。这些在脐带血中发现的 DMRs 显著富集到与胎儿脑发育相关的甲基敏感转录因子结合位点。出生时，在诊断 ASD 之前，脐带血在与早期胎儿神经发育相关的调节区域和基因上检测到一个明显的 DNA 甲基化特征。ASD 脊髓的差异甲基化支持 ASD 的发育性和性别偏倚的病因学，并为早期诊断和治疗提供了新的见解。
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