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转眼 11 月已经过去，又到了小编为大家分享 DNA 甲基化新研究成果的时候了~ 11 月以 DNA methylation 为关键词检索到的文献一共有 570 篇，小编在这里为大家精心挑选了以下 6 篇作为重点分享内容。主要通过 450K、850K 或联合其他组学内容研究 T 记忆干细胞、肝癌、神经胶质瘤、哮喘、阿兹海默症以及创伤后应激障碍中 DNA 甲基化修饰的影响等。在文末附表中列出更多 DNA 甲基化研究的文献和高分综述的研究方向、登刊时间、技术平台和摘要等信息，让您不用再费时费力搜索，就能轻松获取 11 月新的 DNA 甲基化研究成果和动态，平均 IF>10。
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标题：MEK 抑制剂可将 CD8+ T 淋巴细胞重编程为具有强大抗肿瘤作用的记忆干细胞
时间：2020/11/23
单位：乔治敦大学
期刊：Nat Immunol 20.479
平台：WGBS、MSP、非靶向代谢组、脂质组
摘要：免疫治疗中，T 记忆干细胞作用时间长且能产生更强的效应。作者发现，MEK1/ 2 抑制剂（MEKi）能够诱导具有自我更新能力且多能性和增殖能力增强表型的 TSCM。它可以通过延迟细胞分裂并增强线粒体的生物发生和脂肪酸氧化能力，却不影响 T 细胞受体介导的活化能力。DNA 甲基化分析显示，MEKi 诱导的 TSCM 细胞具有和来自健康供体的原始 TSCM 相似的可塑性和基因座特异性特征，并且具有幼稚细胞和中枢记忆 T 细胞的中间特征。体外实验证明，MEKi 处理的 CD8+ T 细胞具有更强的免疫记忆应答效应。这种方法可以产生对过继细胞疗法具有更高功效的 T 细胞。此外，MEKi 处理的荷瘤小鼠也表现出更强的免疫介导的抗肿瘤作用。总之，作者揭示了 MEKi 可将 CD8+ T 淋巴细胞重编程为具有强大抗肿瘤作用的记忆干细胞。
- 02 -
标题：全基因组 DNA 甲基化图谱分析肝癌早期阶段表观遗传标志物
时间：2020/11/25
单位：西奈山伊坎医学院
期刊：Hepatology 14.679
平台：450K
背景：TERT 启动子的突变是早期肝癌发生的重要标志，但我们对驱动这一过程的分子改变知之甚少。表观遗传异常是早期恶性肿瘤中的关键事件。因此，作者主要想解释以下两个问题：1）分析肿瘤前病变向早期 HCC (eHCC) 转变过程中的 DNA 甲基化变化，并确定候选的表观遗传标志物；2）评估肝硬化组织中甲基化变化的预后潜力。作者使用 Illumina HumanMethylation450 芯片对 390 个样本进行甲基化谱分析，包括：16 例正常肝组织样本，139 例肝硬化样本，8 个非典型性增生结节样本（包括 6 个低级别和 2 个高级别非典型性增生结节）和 227 个 HCC 组织样本（43 个为小于 2cm 的小肿瘤（即早期肝癌），184 个为大于 2cm 的肿瘤（即进展期肝癌）。作者从从肝硬化组织到非典型性增生结节直至形成小的 HCC 组织这一过程鉴定出 30 个潜在的表观遗传标志基因，并将这些基因启动子处甲基化与基因表达进行关联，发现 TSPYL5、KCNA3、LDHB 和 SPINT2 基因在甲基化水平和表达之间存在显著的负相关关联。这些基因参与 TP53，cAMP，丝氨酸蛋白酶和 NADH 调控途径。这 4 个基因的甲基化水平异常在两个外部数据集中也得到了验证。Kmeans 聚类分析将患者分成 M1 和 M2 两类，分别包含 55 名和 75 名患者，通过分析两组患者的生存率数据，发现 M2 类患者的总生存期较短（平均生存期，51.9 个月 vs 60.1 个月），说明癌旁肝硬化组织中的 DNA 甲基化水平具有预测预后的潜力。研究发现正常肝组织和 HCC 之间的差异大。与非恶性组织相比，HCC 样本在 DNA 甲基化变化方面积累了高的变异性。在正常、肝硬化、非典型性增生和 HCC 之间观察到的 DNA 甲基化变化梯度可以准确区分肝癌发生过程中的不同组织学阶段，并报告了 4 个基因（TSPYL5、KCNA3、LDHB 和 SPINT2 基因）可以作为从癌前病变过渡到早期 HCC 的候选新表观遗传学标志物。
- 03 -
标题：生殖细胞驱动的复制修复缺陷型高级神经胶质瘤表现出独特的低甲基化模式
时间：2020/11
单位：基督城医院
期刊：Acta Neuropathol 14.251
平台：450K、850K
背景：在复制修复缺陷（RRD）相关基因的种系突变的背景下，RRD 导致的过度突变是高级神经胶质瘤（HGG）的重要驱动机制。尽管 HGG 呈现与致癌突变相对应的 DNA 甲基化的特定模式，但在 RRD 肿瘤中尚未对此进行充分研究。作者利用 450K、850K 甲基化阵列分析了 RRD 基因突变背景下产生的 51 个 HGG，并将他们与不明确是否来自 RRD 患者的 HGG 进行比较。RRD HGG 的胶质瘤基因具有继发性突变如 IDH1 和 H3F3A，并表现出这些甲基化亚群相对应的甲基化模式。缺乏这些已知次级突变的 RRD HGG 与一组先前标记为“Wild type-C”或“Paediatric RTK 1”的未完全描述的 HGG 聚集在一起。对两个 HGG 队列的独立分析显示，其他 RRD / 超突变肿瘤聚集在这些亚组中，这表明未诊断的 RRD 可能通过该位置驱动某些 HGG 聚集。与其他癌症中描述的 CpG 岛甲基化表型相比，RRD HGG 表现出独特的 CpG 岛去甲基化表型。低甲基化富集于基因启动子，对细胞存活至关重要的通路（包括细胞周期、基因表达、细胞代谢和组织）中的基因启动子上主要呈现低甲基化趋势。这些数据表明，甲基化芯片数据可为 RRD HGG 的检测提供诊断信息。
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标题：直至 26 岁，出生时的 DNA 甲基化与肺功能的发育有关
时间：2020/11/19
单位：孟菲斯大学
期刊：Eur Respir J 12.339
平台：850K、表达谱芯片
背景：关于出生时 CpG 位点的 DNA 甲基化是否预测肺功能发育模式知之甚少。作者使用 IOWBC-F1 队列亲本的的足跟刺干血斑 DNA 甲基化数据寻找与肺功能相关的 CpG 位点。首先，作者使用脐带血重复了 ALSPAC 队列中的的 DNA 甲基化数据，主要针对 8、15 和 24 岁的肺功能，在 IOWBC-F1 队列中对 396 名男孩和 390 名女孩的肺功能进行了全基因组筛选。参与发育过程的 GLUL，MYCN，HLX，LHX1，COBL，COL18A1，STRA6 和 WNT11 在 IOWBC-F1 和 ALSPAC 中沿相同方向与肺功能显着相关，并在出生时，IOWBC-F1 队列中的强肺功能和弱肺功能人群在 10 岁和 18 岁时表现出稳定的模式。在 IOWBC-F2 队列中，LHX1 和 COL18A1 上的 CpGs 与基因表达相关。在两个大队列中，新生 DNA 甲基化与青春期和成年早期的肺功能模式有关，这为预防不良肺功能发展提供了方向。
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标题：额叶前额叶皮层 DNA 甲基化差异的表观基因组全荟萃分析提示了阿尔茨海默氏病的免疫过程
时间：2020/11/30
单位：迈阿密大学
期刊：Nat Commun 12.121
平台：450K
摘要：阿尔茨海默氏病（AD）中的 DNA 甲基化差异已有报道。在这里，作者对 1000 多个前额叶皮层脑样本进行了荟萃分析，以区分多个队列中一致的甲基化差异。作者通过使用统一的分析方法，确定了 3751 个 CpG 和 119 个与 Braak 阶段显着相关的差异甲基化区域（DMR）。作者的分析确定了甲基化差异基因，例如 MAMSTR，AGAP2 和 AZU1，并确定重要的 DMR 位于编码刺激 MEF2C 辅因子的 MAMSTR 上。值得注意的是，MEF2C 可以与另一个 AD 基因网络的中心转录因子 PU.1 协同作用。作者的富集分析强调了免疫系统和 polycomb repressive complex 2 在病理性 AD 中的潜在作用。这些结果可能有助于促进未来进一步研究 AD 机制和生物标志物。
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标题：对 10 个军事和民用人群进行 PTSD 的表观基因组荟萃分析，确定 AHRR 的甲基化水平发生改变
时间：2020/11/24
单位：美国亚特兰大埃默里大学
期刊：Nat Commun 12.121
平台：450K、非靶向代谢组
摘要：创伤后应激障碍（PTSD）的特点是重新体验、回避和过度狂热的症状，可以对情绪和生理健康产生负面影响。虽然不是每个经历过创伤的人都会发展成创伤后应激障碍，但那些经历过创伤的人往往会出现严重的致残症状。研究表明，遗传和环境因素都会导致患创伤后应激障碍的风险。表观遗传学差异可能有助于区分创伤后应激障碍（PTSD）病例和创伤暴露对照组。在此，研究人员描述了迄今为止大的 PTSD DNA 甲基化荟萃分析的结果。该研究包含了 10 个军队和平民队列，囊括了来自 1,896 个 PTSD 病例和创伤暴露对照的血源 DNA 甲基化数据。进行多次比较调整后，芳烃受体阻遏物（AHRR）中的四个 CpG 位点与 PTSD 相关，与对照组相比，PTSD 病例的 DNA 甲基化程度较低。尽管已知 AHRR 甲基化与吸烟有关，但是在非吸烟者中 AHRR 与 PTSD 的联系明显，说明该结果与吸烟状况无关。代谢组学数据的评估显示，AHRR 甲基化与犬尿氨酸水平相关，而犬尿氨酸水平在 PTSD 受试者中较低。该研究支持 PTSD 患者中的表观遗传学差异，并提示犬尿氨酸的降低是导致 PTSD 免疫失调的一个因素。
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