高通量测序技术的发展为人类疾病机制研究、遗传病诊断、产前筛查与诊断、肿瘤诊断与治疗等带来了新的应用机遇。全外显子组测序,是利用序列捕获技术将全基因组外显子区域的DNA捕捉并富集后,进行高通量测序的基因组分析方法。
上一回,我们着重讲述了为何要进行蛋白检测。其中几个关键参数大家一定记住了吧!比如在全基因组中,mRNA和蛋白质表达水平之间的相关性很差,在许多研究中的解释力(explanatory power)徘徊在40%左右。这一回,我们来讲述如何进行蛋白质检测。
之前我们略述了代谢组学的课题设计,按照设计的思路进行实验后,就需要进行代谢样本的收集了。今天咱按照不同类型的样本,给大家提供一点收集的建议。
在有限的细胞核空间中,基因组的大部分是紧密折叠的,仅留下需要转录的部分是开放的。打开的染色质,就允许一些调控蛋白(比如转录因子和辅因子)跑过来与之相结合。而染色质的这种特性,就叫做染色质的可及性(chromatin accessibility)。ATAC-seq是利用高通量测序检测转座酶易接近的染色质的技术。 ATAC-seq只需要很少的细胞就能鉴定基因组中所有活跃的调控序列。
DNA甲基化(DNA methylation)是目前研究得清楚、也是重要的表观遗传修饰形式,主要是基因组DNA上的胞嘧啶第5位碳原子和甲基间的共价结合,胞嘧啶由此被修饰为5甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)。别看这只是一个小小的改变,它所起到的作用却是巨大的!有些科学家甚至将DNA甲基化叫做“第五种碱基”!
伯豪生物目前已经先后建成DNA甲基化检测芯片/二代测序平台、RNA甲基化分析平台,组蛋白修饰分析平台、转录因子分析平台和开放染色质分析服务平台。2012年至今,伯豪生物表观产品线已经累计为客户完成约1000例以上科研服务项目,涉及组织、细胞、全血、FFPE等各类实验样本约2万例以上,涵盖肿瘤、胚胎发育、复杂疾病等各个领域,协助客户在J Clin Oncol、Nat Commun、PNAS、Ann Rheum Dis等高水平期刊发表论文30余篇,累计影响因子150以上(累计到2020年3月)。下面让我们一起来欣赏下部分高分文章吧。
ceRNA(竞争性内源RNA)是近几年的研究热点,已知microRNA可以通过结合mRNA导致基因沉默,而ceRNA可以通过竞争性地结合microRNA来调节基因表达。ceRNA(常见的为lncRNA和circRNA)可以通过应答元件(microRNA response elements, MREs)与microRNA结合从而影响microRNA导致的基因沉默。