Q:circRNA 芯片实验的起始量是多少?
A:
Q:circRNA 芯片是如何做到能有效检测 circRNA 而非其母基因的?
A:circRNA 芯片主要基于 circBase 数据库,我们在设计的时候针对 circRNA 的反向剪切位点进行探针设计,保证每个探针能特异性能检测 circRNA,从而避免与母基因之间的冗余影响。
Q:circRNA 芯片适用于哪些物种?
A:目前我们有三款 SBC circRNA 芯片,可以用于检测人、小鼠和大鼠的 circRNA 表达情况。
Q:circRNA 芯片的 circRNA 信息来源于哪些数据库?
A:SBCcircRNA 芯片的 circRNA 信息主要来源于 circBase 数据库,其中小鼠 circRNA 芯片包含了部分 SBC 测序来源的 circRNA,丰富了小鼠 circRNA 芯片的 circRNA 信息。
Q:伯豪客户利用 circRNA 芯片发表了哪些文章?
A:伯豪做 circRNA 芯片的客户相对较少,一般会选择 ceRNA 芯片,因为 ceRNA 芯片除包含了 circRNA 芯片里面所有的信息外,还包含了 lncRNA 的信息,因此一般客户相对来说会选择信价比更高的 ceRNA 芯片。利用 circRNA 芯片发表的文章详见附件 【查看 】。
Q:circRNA 定量验证时,引物设计基于哪段序列?
A:由于 circRNA 特殊的环化结构,且与母基因具有相同的序列信息,在设计 RT-qPCR 引物时,我们建议将上下游引物设计在反向剪切位点的两侧,且产物应包含反向剪切位点,如此能够有效检测 circRNA 的表达量,避免 circRNA 母基因的冗余影响。具体详见附件 【查看】。
Q:有哪些数据库可用于查询 circRNA 信息?
A:有很多在线数据库可供参考,具体可以分为两大类:信息查询数据库和功能研究数据库。
(1)信息查询数据库:circBase、CIRCpedia;
(2)功能研究数据库,可进行 ceRNA 分析,蛋白编码预测,RNA 结合蛋白预测等:circRNADb、starBase、deepBase、circ2Traits、circNet、Circular RNA Interactome。
Q:circRNA 有哪些研究方向?
A:circRNA 研究可分为 biomarker 研究和分子机制研究两个不同的方向。
由于 circRNA 表达稳定、不易降解 、具有组织特异性、疾病特异性等特点,且血液中有丰富的表达, 因此使得 circRNA 成为理想的 Biomarker。
circRNA 分子机制的研究与 lncRNA 类似, circRNA 可作为 miRNA 的海绵吸附体影响 miRNA 对其下游靶基因的表达调控;circRNA 调控母基因的转录等生物学功能。此外,circRNA 翻译成蛋白进而调控细胞功能也是一个新的方向。
Q:如何预测 circRNA 的生物学功能?
A:circRNA 的研究尚处于初级阶段,很多功能还有待于进一步研究,目前对 circRNA 功能的预测主要有两种方法:
(1)通过对 circRNA 母基因的功能分析来推测 circRNA 的功能,该功能预测主要基于 circRNA 调控母基因的原则;
(2)通过 ceRNA 机制分析找到潜在的 circRNA-miRNA-mRNA 调控网络,以 mRNA 的功能推测 circRNA 的潜在生物学功能,该功能预测基于 ceRNA 机制。